ΟΡΓΑΝΩΤΙΚΗ ΔΟΜΗ
Σύμφωνα με την Ιδρυτική του Πράξη, το ΜΦΙ (ΝΠΔΔ) διοικείται από Διοικητική Επιτροπή, η οποία είναι τριμελής (δυο μέλη της οικογενείας Εμμανουήλ Μπενάκη και ο Διευθυντής του Ινστιτούτου ως ανώτατος υπάλληλος του Υπουργείου Αγροτικής Ανάπτυξης & Τροφίμων) ή πενταμελής (τρία μέλη της οικογενείας Ε. Μπενάκη, εκπρόσωπος του Υπουργείου Αγροτικής Ανάπτυξης & Τροφίμων και ο Διευθυντής του Ινστιτούτου).
Η λειτουργία του Ινστιτούτου διέπεται από τον Οργανισμό του (ΦΕΚ 2628/Β/2020).
To Ινστιτούτο διαθέτει πιστοποίηση κατά ISO 9001:2015 και ISO 27001:2022 καθώς επίσης 8 από τα 15 Εργαστήρια είναι διαπιστευμένα κατά ISO 17025:2017.